La collection du Musée Maritime Basque comprend environ 6.000 pièces, parmi lesquelles des gravures, des peintures, des photos, des cartes postales, des affiches, des métallographies, des cartes marines, des plans, des instruments de navigation, des embarcations et des objets ethnographiques...
La crypte de la cathédrale est devenue un musée, où l'on peut découvrir à la fois l'histoire du bâtiment et de la ville, grâce aux panneaux et contenus multimédia, au travers d'un parcours depuis des millions d'années jusqu'à nos jours.
