L'église de Santa María se trouve dans le centre de la vieille ville de Gernika, près de la Casa de Juntas (Maison des Assemblées de Biscaye).
L'église fut construite au XVième siècle et combine les styles gothique et renaissance. Ce beau temple en pierre de taille et en maçonnerie comprend trois nefs achevées par des absides et couvertes par des voûtes en croisée d'ogives gothiques. Le tout est élevé sur d'élégantes colonnes classiques de style ionique.
Elle possède également un excellent orgue Walckler datant de 1889 et un ravissant clocher construit par Manuel Capelastegui.